Lotnisko Manohar ma 1 nowoczesny terminal wspólny dla wszystkich lotów. Hala przylotów i stanowiska odprawy znajdują się na parterze.
Kontrola bezpieczeństwa i bramki odlotów znajdują się na 1. piętrze.
Terminal jest podzielony na część krajową i międzynarodową, ale wszystko jest blisko siebie, a odległości piesze są bardzo krótkie.
Kontrola imigracyjna po przylocie
Pomimo faktu, że lotnisko Goa Manohar obsługuje bardzo niewiele lotów międzynarodowych, po przylocie często ustawiają się długie kolejki do kontroli imigracyjnej, które mogą trwać ponad 60 minut.
Przesiadka między lotami
Lotnisko Manohar nie jest węzłem przesiadkowym i dlatego nie ma możliwości bezpośredniego transferu.
Podczas przesiadki należy zawsze wyjść ze strefy tranzytowej, przejść przez strefę publiczną do hali odlotów, wjechać schodami ruchomymi na pierwsze piętro i przejść przez kontrolę bezpieczeństwa.
Całkowity czas transferu z lotu krajowego zajmuje około 30-40 minut, podczas gdy z lotu międzynarodowego może zająć ponad 90 minut ze względu na powolne kolejki imigracyjne.
