Lotnisko Bilbao jest obsługiwane przez jeden terminal, który jest przestronny i bardzo dobrze rozplanowany. Odległości są niewielkie, a od wejścia do terminalu do samolotu można przejść nie więcej niż 150 metrów.
Parter przeznaczony jest dla przylotów, a na pierwszym piętrze znajdują się stanowiska odprawy i jedyny punkt kontroli bezpieczeństwa.
Obszar tranzytowy jest wspólny dla wszystkich lotów. Kontrola paszportowa, za którą znajdują się bramki odlotów dla lotów spoza strefy Schengen, znajduje się po kontroli bezpieczeństwa w pobliżu bramki B15.
Interaktywną mapę wszystkich terminali można znaleźć na oficjalnej stronie lotniska: www.aena.es/en.
